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L'établissement public est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'autorité chargée du contrôle financier a droit d'entrée avec voix consultative à tout comité, commission ou organe consultatif existant en son sein.

Des comptables secondaires peuvent être nommés par le directeur général après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Les ressources de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques, outre les contributions des agences de l'eau, les versements opérés en application du V de l'article L. 213-10-8 et les subventions versées par des personnes publiques, sont constituées par :

1° Le produit des redevances, les contreparties afférentes aux inventions et procédés nouveaux, la rémunération des services rendus, la vente des publications et, d'une façon générale, toute ressource tirée de son activité ;

2° Les produits financiers, l'intérêt et le remboursement des prêts et avances ;

3° Les emprunts ;

4° Le produit de l'aliénation ou de la location des biens, meubles et immeubles ;

5° Les dons et legs ;

6° Toute autre recette autorisée par les lois et règlements en vigueur.

Il peut être institué dans l'établissement des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.