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Le décret en Conseil d'Etat créant un port autonome est pris à l'initiative du ministre chargé des ports maritimes après avis du ministre de l'économie et des finances, du ministre de l'intérieur, du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé de la marine marchande.

Le port reçoit la dénomination du port principal englobé dans l'établissement public. Toutefois, si cet établissement englobe plusieurs ports importants, sa dénomination peut comporter l'énumération de ces ports.

Pour les ports autonomes substitués à des ports non autonomes, le décret fixe la date de mise en vigueur du nouveau régime.

Pour les ports autonomes du Havre et de Bordeaux, existant au 29 juin 1965, la date de mise en vigueur du nouveau régime est celle du 1er juin 1966 conformément aux décrets qui ont déterminé les circonscriptions de ces deux ports autonomes.