Le secrétaire général de la défense nationale ou son représentant préside la commission interministérielle pour la sécurité des systèmes d'information.

Les règles relatives aux attributions, à la composition et à l'organisation de cette commission sont définies par le décret n° 2001-694 du 31 juillet 2001 portant création de la commission interministérielle pour la sécurité des systèmes d'information.