Le directeur est nommé par décret.

Le directeur exerce la direction générale de l'agence.

Il est assisté, pour la gestion des parcs naturels marins, de délégués placés auprès du conseil de gestion de chacun de ces parcs.

Il prépare les délibérations du conseil d'administration et s'assure de leur exécution. Il exerce, par délégation, les attributions du conseil d'administration mentionnées à l'article R. 334-8.

Il assure le fonctionnement des services de l'agence et à ce titre prépare le budget, recrute et gère le personnel et dirige les services.

Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'agence.

Il signe les marchés publics.

Il représente l'agence dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers. Il peut, en outre, par délégation du conseil d'administration, être chargé pour la durée de ses fonctions d'intenter au nom de l'agence les actions en justice ou de défendre l'établissement dans les actions intentées contre lui. Il en rend compte au conseil d'administration.

Il décide des programmes de coopération de l'agence avec les organismes étrangers et internationaux conformément à la politique définie par le conseil d'administration et l'en tient régulièrement informé.

Il établit le rapport annuel d'activité de l'agence et le soumet pour approbation au conseil d'administration.

Il assure avec ses délégués le secrétariat des différents organes de l'agence.

Il peut déléguer ses compétences pour la gestion des parcs naturels marins.

Il peut déléguer sa signature à des agents placés sous son autorité.