Les fonctions de comptable sont confiées soit à un comptable de la direction générale des finances publiques, soit à un agent comptable. Le comptable est nommé par le préfet sur proposition du conseil d'administration, après avis du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques. Il ne peut être remplacé ou révoqué que dans les mêmes formes.

Toutefois, pour les régies créées à compter du 1er juillet 2020, le choix de confier les fonctions de comptable à un comptable de la direction générale des finances publiques est subordonné à un avis conforme du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques.

L'agent comptable peut, sous sa responsabilité, déléguer sa signature à un ou plusieurs agents qu'il constitue ses fondés de pouvoir.

L'agent comptable assure le fonctionnement des services de la comptabilité.

Il est soumis à l'ensemble des obligations qui incombent aux comptables publics en vertu du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. L'agent comptable est placé sous l'autorité du directeur, sauf pour les actes qu'il accomplit en tant que comptable public.

L'agent comptable tient la comptabilité générale ainsi que, le cas échéant et sous l'autorité du directeur, la comptabilité analytique.

L'agent comptable de la régie est soumis au contrôle de l'inspection générale des finances et du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques.

Le préfet reçoit communication des rapports de contrôle des membres de l'inspection générale des finances, du directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques. Il peut faire contrôler les opérations et les écritures de la régie par un délégué qu'il désigne à cet effet.

Le directeur peut, ainsi que le président du conseil d'administration, prendre connaissance à tout moment dans les bureaux du comptable des pièces justificatives des recettes et des dépenses et des registres de comptabilité. Il peut recevoir copie des pièces de comptabilité.