L'Institut national du sport et de l'éducation physique comprend, sous l'autorité du directeur, un secrétariat général, quatre départements et une unité de soutien à la préparation des sportifs en vue des jeux Olympiques et Paralympiques.

Le secrétaire général de l'Institut national du sport et de l'éducation physique est nommé par arrêté du ministre chargé des sports après avis du directeur et du conseil d'administration de l'institut.

Le secrétaire général assiste le directeur pour la mise en œuvre des moyens mis à la disposition de l'institut et la coordination des actions des différents départements, à l'exception des activités de recherche.
Il remplace le directeur en cas d'absence ou d'empêchement.

Sont placés sous l'autorité du secrétaire général :
1° Les services chargés de la gestion administrative et financière ainsi que de l'intendance ;
2° Le service d'accueil et d'animation ;
3° Le service chargé de l'orientation professionnelle ;
4° Le service de l'audiovisuel ;
5° Le service de la documentation, qui regroupe l'ensemble des moyens de documentation de l'institut et travaille en liaison permanente avec les départements et services.

La mission de recherche scientifique fondamentale et appliquée en matière pédagogique, médicale et technique de l'Institut national du sport et de l'éducation physique s'exerce au sein de chaque département.

Un chargé de mission auprès du directeur est nommé par arrêté du ministre chargé des sports, sur proposition du directeur de l'institut et après avis du conseil d'administration. Il est chargé de la recherche scientifique et a pour tâche de coordonner les activités de recherche menées à l'Institut national du sport et de l'éducation physique. Un correspondant lui est désigné, à cet effet, dans chaque département.
Il prend les contacts utiles avec le secteur de la recherche extérieure à l'établissement.
Il prépare les conventions et accords qui peuvent éventuellement être passés en matière de recherche avec les organismes extérieurs à l'établissement.
Un conseil d'application placé auprès du directeur assiste le chargé de mission dans ses fonctions.

Le département du sport de haut niveau a pour mission :
1° De contrôler les conditions d'admission et de maintien à l'Institut national du sport et de l'éducation physique des sportifs présentés par les organismes compétents ;
2° De regrouper dans différentes sections les athlètes de haut niveau qui désirent poursuivre leurs études ou recevoir une formation professionnelle en bénéficiant des conditions d'entraînement de l'Institut national du sport et de l'éducation physique ;
3° D'organiser pour les fédérations sportives des stages d'entraînement et les regroupements des équipes nationales ;
4° D'accueillir, à titre individuel et de façon temporaire, les athlètes de haut niveau qui souhaitent bénéficier des conditions d'entraînement de l'Institut national du sport et de l'éducation physique.

Le département du sport de haut niveau travaille en liaison avec les écoles nationales de sport et les centres d'éducation populaire et de sport.
Le département du sport de haut niveau traite de l'ensemble des problèmes techniques relatifs aux différentes disciplines sportives et ayant trait à l'entraînement de tous les athlètes en séjour à l'institut en relation avec les fédérations concernées.

Le département de la formation a pour mission :
1° D'assurer en tant que de besoin, directement ou avec le concours d'organismes spécialisés, la formation générale ou le complément de formation générale indispensable à l'insertion professionnelle des athlètes accueillis à l'Institut national du sport et de l'éducation physique ;
2° D'organiser les études scolaires des athlètes accueillis à l'Institut national du sport et de l'éducation physique pour la durée d'une ou plusieurs années scolaires ;
3° D'assurer la préparation générale et technique des athlètes accueillis par l'Institut national du sport et de l'éducation physique aux diplômes techniques fédéraux, aux brevets d'Etat ainsi qu'aux diplômes et concours conduisant aux carrières d'enseignant d'éducation physique et sportive ;
4° D'organiser des stages de formation permanente dans le domaine du sport et de l'éducation physique ;
5° De donner aux enseignants d'éducation physique et sportive fonctionnaires titulaires de l'Etat qui ont déjà l'expérience de leur profession une formation d'un niveau supérieur. Cette formation est sanctionnée par le diplôme de l'Institut national du sport et de l'éducation physique. Les conditions de préparation et d'obtention du diplôme sont fixées par arrêté interministériel ;
6° D'accueillir, en accord avec le ministère des affaires étrangères et le ministère chargé de la coopération, des stagiaires étrangers et de leur apporter l'assistance technique et pédagogique nécessaire pour leur permettre de suivre, avec profit, une préparation aux différents diplômes, brevets et concours par l'Institut national du sport et de l'éducation physique.

Le département médical assure :
1° Un service de traitement, de traumatologie sportive et de rééducation. Il peut faire appel, dans le cadre du dispensaire agréé par la sécurité sociale, à des médecins spécialisés de l'Institut national du sport et de l'éducation physique ou de l'extérieur ;
2° Un service de surveillance médicale, de détection des aptitudes, de contrôle médical et de prévention. L'environnement médical des athlètes de haut niveau est confié à une équipe spécialisée.
Le département médical mène des activités de recherche dans le domaine de la médecine du sport.

L'Institut de recherche biomédicale et d'épidémiologie du sport a pour missions de :
1° Constituer une banque nationale de données épidémiologiques du sport de haut niveau, en liaison avec les plateaux techniques des hôpitaux et des centres d'éducation populaire et de sport, ainsi qu'avec les autres unités de suivi médical des sportifs ;
2° Encourager, conduire et développer des recherches épidémiologiques, physiopathologiques et physiologiques dans le domaine du sport de haut niveau ;
3° Mettre en place, formaliser et animer un réseau national de recherche biomédicale et épidémiologique du sport de haut niveau, associant les structures assurant le suivi sanitaire des sportifs et les structures de recherche ;
4° Organiser des séminaires sur des thèmes scientifiques et médicaux et contribuer à la publication des résultats des recherches conduites dans son domaine de compétence ;
5° Accueillir en formation des chercheurs et des étudiants provenant des filières médicale, scientifique ou sportive ;
6° Faciliter les relations entre le plateau technique de soins de l'Institut national du sport et de l'éducation physique et les services de médecine du sport de l'Assistance publique-hôpitaux de Paris, notamment par des échanges de pratiques et d'expériences entre les médecins de l'Institut national du sport et de l'éducation physique et les praticiens hospitaliers ou médecins en formation de l'Assistance publique-hôpitaux de Paris ;
7° Contribuer à la formation et l'information des cadres techniques sportifs, des médecins du sport et des personnes concernées par la santé des sportifs sur le résultat de ses recherches.

L'Institut de recherche biomédicale et d'épidémiologie du sport exerce ses missions dans le cadre d'un partenariat avec des organismes publics et privés qui concourent, par convention, à son activité.

Le chef du département est nommé par arrêté du ministre chargé des sports sur proposition conjointe du président de l'université Paris-V-René-Descartes et du directeur de l'Institut national du sport et de l'éducation physique, et après avis du conseil d'administration de l'Institut national du sport et de l'éducation physique.
Il dirige les activités et le personnel de l'Institut de recherche biomédicale et d'épidémiologie du sport. Il rend compte de son activité devant le comité de pilotage mentionné à l'article A. 211-15.
Il prépare les projets de convention et accord qui peuvent éventuellement être passés dans le cadre de l'activité de son département avec les organismes extérieurs à l'établissement.

Le chef du département est assisté d'un comité scientifique composé de personnalités compétentes désignées notamment par le ministre chargé des sports.
Le comité scientifique propose les axes de recherche et évalue les projets de recherche menés ou soutenus par le département.

Un comité de pilotage, constitué des parties signataires de la convention mentionnées à l'article A. 211-19 et dont le président est désigné par le ministre chargé des sports, est chargé de veiller au respect des objectifs fixés par cette convention. Il se réunit au moins deux fois par an.

L'Institut de recherche biomédicale et d'épidémiologie du sport est doté d'un compte de ressources affectées.

L'unité de soutien à la préparation des sportifs en vue des jeux Olympiques et Paralympiques a pour fonction de réunir et gérer des moyens spécialement dédiés à la préparation des sportifs au titre de la préparation des jeux Olympiques et Paralympiques pour la réalisation de ses missions.
Cette unité de soutien est gérée sous la responsabilité du directeurde l'Institut national du sport et de l'éducation physique en étroite relation avec le directeur de la préparation Olympique et Paralympique.

L'unité de soutien à la préparation des sportifs en vue des jeux Olympiques et Paralympiques est dotée d'un compte de ressources affectées.

Les différents départements et le chargé de mission préparent les conventions et accords qui peuvent être passés par l'établissement avec les universités, les laboratoires et autres organismes extérieurs intéressés.